Funde
Die wechselvolle Geschichte der Höhle spiegelt sich in ihren Funden wider, die vom Pleistozän vor knapp 2 Mio. Jahren bis ins 17. Jahrhundert n. Chr. reichen.
Namengebend für die Höhle wurde der Höhlenbär, von dem zahlreiche Knochen und Schädel schon 1834 im hinteren Bereich der Karlshöhle gefunden wurden. In der 1949 entdeckten Fortsetzung der Karlshöhle fand man dann eine solche Masse an Höhlenbärenskeletten, dass eine andere Benennung als „Bärenhöhle“ kaum in Frage kam.
Bärenschädel
Einen besonders vielschichtigen Fundhorizont bietet die 1834 entdeckte Karlshöhle. Eine übersinterte Feuerstelle mit angebrannten Knochen von Hirschen und Schweinen sowie Bruchstücke grober Keramik zeugen von früher Nutzung als Unterschlupf.
Unter dem Entdeckungsloch, dem „Fauthloch“, türmte sich einst ein 5-6 Meter hoher Schutthügel mit einem Durchmesser von bis zu 12 Meter. In dem Schutthügel sind drei Steinklingen aus dem Jungpaläolithikum (ausgehende Altsteinzeit) gefunden worden.
In den unteren Schichten fand man zahlreiche Skelette in „gestreckter Lage“, was auf Bestattungen aus der Bronzezeit oder dem Übergang von Hallstatt- zu La-Tène-Zeit hindeutet. Bruchstücke grober Keramik aus diesen Zeiten wurden ebenso gefunden wie eine Bronzenadel, Anhänger aus Bronze, dazu verschiedene Fibeln.
Bestattungen und Pestleichen
Aus der römischen Besatzungszeit sind Funde römischer Gebrauchskeramik (Terra Sigillata) bezeugt. Das frühe Mittelalter ist mit einem Elfenbeinkamm, das Hochmittelalter mit Armbrustbolzen und einem stark verwitterten Schwertknauf vertreten. Aus der Neuzeit stammten die auf dem Schutthaufen liegenden bis zu 50 Menschenskelette – wahrscheinlich Opfer einer Pestepidemie zu Zeiten des Dreißigjährigen Krieges.
Verluste und neue Funde
Von den Funden aus der Karlshöhle ist leider kaum etwas erhalten. Die Höhle wurde nach ihrer Entdeckung sogleich von „unwissendem Landvolk“ ausgeplündert, ihrer Schätze und vor allem ihrer Geschichte beraubt. Aus alten Berichten und Zeichnungen können aber doch einige Fundstücke und eine sehr grobe Schichtung des Schutthaufens rekonstruiert werden.
Die nach dem zweiten Weltkrieg in der sogenannten Urhöhle gemachten Funde von Tieren aus dem Pleistozän beschränken sich vor allem auf Zähne. Anhand dieser Zahnfunde lassen sich Pferde, verschiedene Hirscharten, Nashörner, Hyänen, Jaguare und Biber nachweisen.